Υπάρχουν δύο ιατρικές σχολές στη Σόφια, το Ιατρικό Πανεπιστήμιο της Σόφιας (MU Sofia) και η Ιατρική Σχολή St Kliment. Υπάρχουν πολλές ομοιότητες και μια σειρά από διαφορές μεταξύ τους. Οι ομοιότητες είναι ότι και τα δύο σχολές είναι δημόσιες, η γλώσσα διδασκαλίας είναι τα βουλγαρικά και τα αγγλικά, τα πτυχία που προσφέρονται έχουν την ίδια εγκυρότητα και διαπίστευση και και τα δύο έχουν εισαγωγικές εξετάσεις. Οι διαφορές είναι λίγες αλλά πολύ σημαντικές. Το MU Sofia προσφέρει όλους τους ιατρικούς κλάδους, ενώ η ιατρική σχολή στο St Kliment προσφέρει μόνο ιατρική και φαρμακευτική στα αγγλικά. Επιπλέον, το MU Sofia δέχεται μεγαλύτερο αριθμό φοιτητών από τη σχολή ιατρικής.